在游戏的开始，阿贾伊·盖尔为了撒葬已故母亲的遗灰而回到库玛，但他很快就卷入了这个国家的政治斗争之中。玩家需要揭开佩吉·明统治下的腐败和压迫，同时帮助反抗军“黄金之路”进行反抗。随着剧情的推进，阿贾伊的道德选择将直接影响到故事的结局，游戏中设有多个不同的结局，根据玩家的决策将产生不同的结果。
其中一个结局是“和平结局”，这种结局的达成条件是玩家在关键时刻选择不与佩吉对抗。阿贾伊在与佩吉会面后，会有机会选择接受佩吉的方式，返回家园。这一选项虽然表面上看似逃避了冲突，但实际上却体现了阿贾伊内心的撕裂与对和平的渴望。结局也在一定程度上反映了现实中对于暴力与和平的思考，此时的库玛依旧处于动荡之中，反抗的希望仍然渺茫。
另一个较为激烈的结局则被称为“暴力结局”，要求玩家在与佩吉的对抗中采取直接的冲突手段，并推进反抗军的力量。这种剧情走向提供了几次关键性的战斗选择，最终导致阿贾伊击败了佩吉，但代价是支付了深重的战争成本。游戏在这一点上展现了“胜利的代价”，面对的又是一个更加混乱的局势，尽管阿贾伊实现了初衷，却在心理上承受了巨大的负担。
除了上述两个主要结局外，游戏还有其他多种变体结局。比如在某些情况下，如果阿贾伊选择不干预其他角色的命运，也可能导致不同的剧情发展，每个选择都能够影响到最终的结果。而这些选择不仅仅是战斗上的决策，亦涉及到角色之间的互动、道德取向和对情感的理解，深刻展现了人性在极端情况下的复杂表现。
总结而言，《孤岛惊魂4》通过多样化的剧情结局和丰富的选择设计，使玩家在冒险的过程中不仅仅是体验战斗的快感，还要面对道德、选择与牺牲的深层次问题。每一位玩家的选择都塑造了独特的故事体验，使得这款游戏不仅在玩法上引人入胜，更在叙事上给人留下了深刻的思考。库玛的命运如何，掌握在每一位玩家的手中。
